Redreç i desplegament de l'administració, 1472-1593
Portada de la compilació del 1588 de les Constitucions i altres drets de Catalunya.
A les Corts Generals de Barcelona de 1481, el rei Ferran II reafirmà el seu respecte per l'edifici aixecat pel pactisme en la constitució dita de l'Observança, que comença dient: «Poc valria fer Leys e Constitutions si no eren per nós e nostres Officials observades». Però el sentit general que tingué, a partir d'aleshores, la densa tasca legislativa que impulsà fins al final del seu regnat el 1516, fou el reforçament del poder reial, amb la introducció de noves institucions de dependència règia, com la Inquisició -que topà immediatament amb la Diputació i les altres corporacions catalanes- i l'Audiència de Catalunya (fins aleshores l'Audiència Reial era itinerant i compartida per tots els reialmes de la Corona d'Aragó), o a través de la reforma de les ja existents, com ara el Consell de Cent barceloní o la mateixa Diputació del General.
El punt que permetia la intervenció reial en aquestes corporacions era la mala administració econòmica i especialment la impuntualitat en els pagaments als compradors de títols del deute públic, un problema que interessava els estrats alts de la societat catalana i on el rei, per tant, podia comptar amb el consens generalitzat si aconseguia sanejar les finances. Ferran II mantingué segrestats tots els càrrecs de la Diputació durant els anys 1488-1493 i introduí el sistema de la insaculació (sorteig) per a l'elecció dels sis membres del consistori, amb l'objectiu de trencar el monopoli dels càrrecs per una oligarquia cada cop més restringida i corrupta.
Altrament, els processos de contrafacció i, en general, les reclamacions de la Diputació del General havien de ser dirimits per la nova Reial Audiència i, de fet, això anul·là les garanties de justícia, perquè mai aquest organisme emanat del rei condemnà cap oficial reial, i convertí la constitució «Poc valria» en paper mullat.
Al llarg del segle XVI, l'absentisme dels monarques hispànics va fer-se permanent i, si bé amb Carles I es van anar celebrant Corts amb una freqüència aproximada quinquennal, amb Felip I (II de Castella) les convocatòries es van fer més rares. En aquest context, van sovintejar cada vegada més les Juntes de Braços, que es reunien a la mateixa Casa de la Diputació i suposaven una ampliació de la representació social important encara que desordenada. Aquest nou paper dels estaments en el reforç i control de la Diputació, que neutralitzava en part els efectes del sistema insaculatori, fou consolidat a la Cort de 1585 amb la formalització de les Divuitenes o comissions emanades de la Junta de Braços amb l'objectiu d'executar les decisions polítiques sobre l'afer que havia motivat la convocatòria de l'assemblea.
A la darreria del segle XVI, l'estructura orgànica de la Diputació del General era encapçalada per tres diputats i tres oïdors de comptes (un per Braç), amb una presidència merament cerimonial sempre a favor del diputat eclesiàstic. L'administració central, radicada a la Casa de la Diputació de Barcelona -ampliada i magnificada per la nova façana de la plaça de Sant Jaume-, constava d'un escrivà major, un regent els comptes i un racional, que tenien a les seves ordres diversos escrivans. La recaptació tributària era encomanada a arrendadors i collidors dels diferents tributs. En relació amb la funció fiscal, es va anar desenvolupant una xarxa estable de representants locals de la Diputació, que aproximadament coincidia amb les vegueries reials i abastava dues-centes trenta quatre poblacions, amb mig miler d'agents i un altre mig miler de mosquetes o espies delators. Aquest desplegament institucional expressa de manera clara quina seguia sent la funció principal de la Diputació i, al mateix temps, reflecteix directament la rendibilitat del sistema impositiu propi i, indirectament, el gran augment dels ingressos derivat de la reconstrucció de la riquesa social de Catalunya, un cop superada la crisi de final del segle XV.